Hydrologické pomery
Jaskyňou v súčasnosti nepreteká aktívny vodný tok. Vyskytujú sa len skapy autochtónnych vôd. V závere jaskyne sa nachádza jazero, ktoré bolo vyčerpané jaskyniarmi v 80. rokoch 20. storočia. Pokus nepreukázal existenciu ďalšieho pokračovania jaskynných priestorov, objavená bola iba 15 metrov dlhá rúrovitá chodba končiaca neprieleznou zúženinou.
Biologické pomery
Z Malej Stanišovskej jaskyne sa v literatúre (J. Gulička, 1975; J. Paclt, 1957) spomínajú chvostoskoky. V rokoch 1997 – 2001 tu J. Obuch, P. Holúbek, V. Šmoldas a A. Gresch uskutočnili spočítavanie netopierov. Dňa 24. 2. 1997 tu boli evidované netopiere (5 ks Myotis myotis; 2 ks Myotis mystacinnus/brandti; 4 ks Eptesicus nilsonni; 2 ks Barbastella barbastellus), dňa 12. 2. 1998 (4 ks Myotis myotis; 1 ks Myotis mystacinnus/brandti; 2 ks Eptesicus nilssoni; 1 ks Plecotus aurituus), dňa 5. 3. 1999 (1 ks Rhinolophus ferrumeqinum; 11 ks Myotis myotis; 1 ks Barbastella barbastellus; 1 ks Plecotus aurituus), ), dňa 28. 12. 1999 (2 ks Myotis myotis; 3 ks Myotis mystacinnus/brandti; 4 ks Eptesicus nilssoni; 7 ks Barbastella barbastellus), dňa 4. 2. 2001 (3 ks Myotis myotis; 2 ks Eptesicus nilssoni; 3 ks Barbastella barbastellus). Dňa 24. 1. 2008 tu Z. Višňovská a P. Holúbek zaregistrovali (3 ks Barbastella barbastellus, 6 ks Myotis mystacinus/brandtii a 4 ks Myotis myotis/blythii). Najviac netopierov tu bolo evidovaných v roku 1999. Išlo o 16 kusov 4 druhov. Najmenej netopierov, 8 kusov tu bolo registrovaných v rokoch 1998 a 2001.
V roku 2006 tu výskum bezstavovcov vykonala pracovníčka Slovenského múzea ochrany prírody a jaskyniarstva A. Benová. Bol realizovaný metódou formalínových pascí a manuálnym zberom počas vegetačného obdobia. Materiál determinoval V. Papáč zo Správy slovenských jaskýň a Ľ. Kováč z Univerzity Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach. Boli tu zistené tri druhy chvostoskokov (Collembola): Ceratophysella neomeridionalis (Nosek & Červek, 1970), Protaphurora janosik Weiner, 1990 a Onychiuroides pseudogranulosus (Gisin, 1951), podľa správy v prílohe č. 4.2 je podzemný priestor Malej Stanišovskej jaskyne druhovo chudobný.
Mikroklíma jaskyne
Z hľadiska prúdenia vzduchu ide o zaujímavú lokalitu. Výraznejší prievan tu nie je registrovaný v letnom období, keď vonkajšia teplota neklesne pod teplotu v stabilnom pásme jaskyne, ktorá v Malej Stanišovskej jaskyni dosahuje 6,1 °C. Teplota vzduchu meraná v koncovej sieni jaskyne pri meračskom bode 22 dňa 18. 8. 2003 dosahovala 6,1 °C. V zimnom období do jaskyne vteká vchodom č. 1 studený podchladený vzduch, ktorý vo vstupných častiach jaskyne až k m. b. 8 vytvára popri zemi ľadovú výplň. Vo vnútri jaskyne sa táto studená masa vzduchu ohreje a popri strope hlavnej chodby smeruje ku vchodu č. 2, kde vystupuje na povrch a v mrazivom počasí sa z teplého a vlhkého jaskynného vzduchu vytvára v okolí vchodu do jaskyne inovať. Pri meraní dňa 30. 12. 2007 dosahovala teplota pri meračskom bode 22 v koncovej sieni 5,2 °C. Dňa 9. 2. 2008 na tomto istom mieste dosiahla teplotu 4,5 °C. Pod túto hodnotu už teplota v koncovej sieni neklesla.